کسب عنوان مؤسسه پژوهشی برتر در دوازدهمین جشنواره تجلیل از پژوهشگران و فناوران برتر سال جهاد اقتصادی، از سوی معاونت پژوهش و فناوری وزارت علوم، تحقیقات و فناوری، در بین مؤسسات و مراکز تحقیقاتی کشور، سال ۱۳۹۰
انتخاب پروژه پژوهشی طراحی و تولید نمونه پودری میکروبی جهت رفع آلودگی‌های نفتی فاز مایع و جامد (مطالعه موردی مناطق عملیاتی شرکت پایانه های نفتی ایران) به عنوان پروژه پژوهشی فنی برتر در سطح صنعت نفت
کسب رتبه اول در بین پژوهشکده‌های مورد ارزیابی دفتر بررسی و ارزیابی پژوهشی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری در زمینه علوم پایه، سال ۱۳۹۰
کسب سطح A و رتبه برتر از سوی معاونت پژوهش و فناوری وزارت علوم، تحقیقات و فناوری در بین مؤسسات پژوهشی وابسته به نهادهای عمومی، سال ۱۳۸۹
انتخاب گروه پژوهشی زمین شناسی نفت پژوهشکده علوم پایه کاربردی به عنوان گروه پژوهشی برتر جهاددانشگاهی از سوی معاونت پژوهش و فناوری دفتر مرکزی جهاد دانشگاهی، سال ۱۳۹۶.
انتخاب پروژه پژوهشی مطالعه جامع حوضه رسوبی (پتروگرافی، ژئوشیمی، پالینولوژی) و چینه نگاری سکانسی سازندهای فراقان، زاکین و سرچاهان- سیاهو در میدان پارس جنوبی (چاه شماره SPD۱-۱۴) و انطباق نتایج با میادین مجاور به عنوان پروژه پژوهشی برتر
